增值税一般纳税人进行自查属于专项内部审计，定期或不定期地自查税额计算中有无漏洞和问题，不仅是保证财会资料及涉税数据准确完整的必要步骤，也可作为接受税务稽查的前期准备，同时也是健全企业内部管理流程的需要。
符合增值税一般纳税人标准的企业都具有一定的经营规模，税收法规明确规定了一般纳税人的销售规模标准，也对其会计核算健全与否提出了要求。增值税的核算既与企业“进、销、存”的物流过程丝丝相扣，又与企业“供、产、销”的现金流程紧密相关，企业的合同签订（付款及收货条款）、质检规定（非正常损失条款）、投资筹资（实物赠出或受赠条款）等等行为或规定都与增值税有关。因此说，交纳增值税的企业不应把增值税的核算与管理仅仅局限在财务管理的范畴，而应将其纳入企业经营管理的内部管理流程中。进行增值税定期、不定期的自查，是有助于企业内部管理流程的建立健全，有助于维护企业经营管理中的税收利益的。
第一步，制度、法规相对照，即企业内部增值税财会处理规定与增值税条例规定之间的对照检查。检查目的是了解企业制定的内部财会规定与增值税法律法规之间是否存在差异，其差异是否会造成增值税违章。主要对照以下方面：
1.企业内部制度规定计算增值税进项税的时间是否符合工业企业货物入库、商业企业付清货款及接受加工、修理修配劳务付清款项的时间限定？如不相符，则企业计算进项税的时间可能有前移或后错的问题。
2.企业内部制度规定计算销售及增值税销项税的时间是否与增值税法规规定的纳税义务发生的时间相一致？如不相符，则企业计算销项税的时间可能有前移或后错的问题。
3.企业内部制度规定开具增值税发票的时间是否与增值税法规规定的开具增值税发票的时间相一致？如不相符，则会产生开具发票时间与销售实现、增值税纳税义务发生的时间不一致的混乱情况，也可能会产生发票违章的问题。
第二步，制度执行情况检查，即与增值税计算相关的企业内部有关制度的执行情况的检查。检查目的是明确企业内部与增值税计算相关的制度、流程执行得怎样？是否存在影响增值税计算准确性的因素？是否确实影响了增值税计算的准确性？检查制度执行情况，除检查上述第一步企业内部财会制度是否严格执行之外，还应着重检查以下方面：
第三步，存货的检查。即存货账存实存的对照检查。检查目的是从存货角度看企业购销中是否存在问题。
第四步，账簿对应关系的检查。检查目的是通过账簿数据的勾对关系检查是否存在增值税计算错误。主要检查以下账簿对应关系：
1.产成品（或库存商品）与销售成本的对应关系。即产成品、库存商品账户的贷方发生额与销售成本借方发生额之间是否存在数字对应的关系。如果产成品、库存商品账户的贷方发生额大于销售成本账户的借方发生额，则可能存在下列情况：
A.企业有赊销行为，已将出库的产成品或库存商品记入了“分期收款发出商品”账户。
B.财产清查存货盘亏，调整账实相符。这种情况应检查非正常损失是否进行了“进项税额转出”处理。
C.库存商品用于非应税项目、职工福利、个人消费。这种情况应检查这部分库存商品若是本期购入的，是否误记了进项税；若是以往购入的经营用库存商品改变为上述用途，则是否进行了“进项税额转出”处理。
如果产成品、库存商品账户的贷方发生额小于销售成本账户的借方发生额，则可能存在下列情况：
A.以前赊销出库的货品在本期实现了销售，这属正常情况，可进一步检查赊销转出成本与赊销实现销售收入是否匹配。
B.企业销售了商品、产品以外的东西，如自制半成品等。这种情况应检查是否计算了增值税销项税。
C.出口企业将与出口有关的不许抵扣的进项税记入了销售成本，这属正常情况。可进下步检查不可抵扣进项税计算依据及使用税率计算是否准确。
2.原材料、包装物、生产用低值易耗品与生产成本的对应关系。即原材料、包装物、低值易耗品账户的贷方发生额与生产成本账户借方发生额的原材料转入数之间是否存在对应关系。
如果原材料、包装物、低值易耗品账户的贷方发生额大于生产成本账户借方发生额的原材料转入数，则要分析该大于部分的使用方向：
A.是否有用于职工福利、个人消费或不交增值税的情况？是否有材料盘亏？这些用途的原材料等等都不能计算进项税。
B.是否有用于赠与、销售、分红、对外投资的情况？这些用途都需要计算销项税，计税依据为同类产品价格或组成计税价格。
第五步，数据、指标分析，即对企业的一些财务数据按增值税法规具体要求进行对比。检查目的是从财务数据、指标角度看企业是否可能存在增值税违章问题。可着重检查以下几方面：
3.销售价格与成本相比是否平价或低于成本？如果存在这一问题是何原因？这个问题会引起税务机关对企业销售额的质疑，为防范企业运用转让定价方式避税，对于企业销售额明显偏低且无正当理由者，税务机关有权按该货物的同类产品价格或组成计税价格对企业销售额进行调整。
上述五个步骤及所涉及方面可应用于一般情况下增值税一般纳税人的自查，通过自查不仅有助于及时发现、改正错误，说明需要说明的问题，以满足税务稽查的要求；还有助于完善内部沟通及管理流程，以完善企业的财务管理及经营管理。

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