一是重视未分别核算各类营业收入，被税务机关从严征收带来的税收风险。
　　部分“营改增”企业没有按照纳税需求分别核算各类收入，在申报纳税时临时拆分各类收入，此举难免会造成申报数据的混乱和不准确，税务机关在遇到这种情况时往往按照税法的规定从严征税，由此使部分企业税收负担加重。比如部分涉及“营改增”的企业在“营改增”之后，仍然保持原有的核算方法，没有将改征为增值税的有关涉税收入从原属于营业税范围的收入中准确划分出来单独核算，在申报纳税时被税务机关发现并重新核定了增值税的有关收入。由税务机关重新核定应税服务的销售额，企业处于被动地位，很可能会给企业税负造成不利影响，增加企业的涉税风险。
　　二是重视发票使用不当产生的税收风险。面对税制改革，企业不但要转换思路，更要从被动接受变为主动适应。
　　目前，“营改增”企业在增值税专用发票的使用上最容易忽略的问题有三个：一是不按规定索取合规的扣税凭证；二是取得了合规凭证，未能在规定时间内到主管税务机关认证；三是由于对增值税法规了解不够，能够取得合规扣税凭证的情形，却没有取得，仅取得了普通发票或者收据，丧失了抵扣税款的机会。因此，纳税人要提高对增值税专用发票重要性的认识，一方面要在内控机制上加强对增值税专用发票的严格管理，杜绝虚开发票情况的发生；另一方面在取得增值税发票时要提高防范意识，严格审查发票的真伪、货物来源、发票来源的合法性、销货方的纳税人资格等，对存在疑点的发票可暂缓付款或暂缓申报抵扣其中的进项税金，待查证落实后再作处理，力求提前防范涉税风险。
　　三是重视违规操作抵扣被加处罚款和滞纳金的税收风险。

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