相关文件：《国家税务总局关于印发<跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法>的公告》(2012年第57号)
130.分支机构是否要实质地参与汇算清缴，是否进行年度纳税调整？
跨地区经营汇总纳税企业汇算清缴的主体仍然是总机构，分支机构并不需要进行年度纳税调整，自行计算应纳税所得额和应纳税额，只是根据总机构填报的分配表中应缴应退的税款，就地申报补退税。为了保证汇缴工作的顺利进行，也需要分支机构填列年度纳税申报表，但只需要填列有限的几项，与总机构的年度纳税申报完全是两个概念。同时，为便利就地实施税务检查，也需要分支机构报送参与企业年度纳税调整情况的说明，该说明由总机构确认后提交，涉及需由总机构统一计算调整的项目不进行说明。
相关文件：《国家税务总局办公厅关于印发<跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法>的公告的解读》
131.对二级分支机构查补税款如何计算？如何在总分机构之间进行分摊？依据的原则是什么？
对二级分支机构查补税款计算与分摊入库问题的处理要遵循三个原则，一是要坚持法人所得税制，二是要遵循《财政部 国家税务总局 中国人民银行关于印发〈跨省市总分机构企业所得税分配及预算管理办法〉的通知》（财预[2012]40号）（以下简称40号文件）的基本分配框架，三是要尽量提高二级分支机构所在地税务机关就地监管的积极性。基于此，《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法》第二十八条明确，二级分支机构所在地主管税务机关可自行对其主管二级分支机构实施税务检查，但对查补税款的计算应按照法人所得税制的要求进行，不得侵犯纳税人的合法权益。同时明确，对二级分支机构的查补税款，50%应分配给总机构缴纳（总机构所在地和中央国库待分配账户各占25%），50%分配给参与检查的二级分支机构缴纳，没参与检查的其他二级分支机构不参与查补税款的分配。这样，既坚持了40号文件的基本分配格局，又适当体现了对就地监管努力的尊重，有利于提高征管效率，堵塞征管漏洞。
相关文件：《国家税务总局办公厅关于印发<跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法>的公告的解读》
132.跨地区经营汇总纳税企业哪些机构就地分摊缴纳企业所得税？
《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法》第四条规定：总机构和具有主体生产经营职能的二级分支机构，就地分摊缴纳企业所得税。二级分支机构，是指汇总纳税企业依法设立并领取非法人营业执照（登记证书），且总机构对其财务、业务、人员等直接进行统一核算和管理的分支机构。这是对二级分支机构法律形式和运营特点的一般概括。
办法同时明确了一种视同二级分支机构的情形，属于二级分支机构特例。第十六条第一款规定：总机构设立具有主体生产经营职能的部门（非办法第四条规定的二级分支机构），且该部门的营业收入、职工薪酬和资产总额与管理职能部门分开核算的，可将该部门视同一个二级分支机构，按办法规定计算分摊并就地缴纳企业所得税；该部门与管理职能部门的营业收入、职工薪酬和资产总额不能分开核算的，该部门不得视同一个二级分支机构，不得按办法规定计算分摊并就地缴纳企业所得税。
相关文件：《国家税务总局关于印发<跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法>的公告》(2012年第57号)
133.跨地区经营汇总纳税企业哪些机构不就地分摊缴纳企业所得税？
《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法》第五条明确了不就地分摊缴纳企业所得税的二级分支机构，具体包括：（1）不具有主体生产经营职能，且在当地不缴纳增值税、营业税的产品售后服务、内部研发、仓储等汇总纳税企业内部辅助性的二级分支机构，不就地分摊缴纳企业所得税。（2）上年度认定为小型微利企业的，其二级分支机构不就地分摊缴纳企业所得税。（3）新设立的二级分支机构，设立当年不就地分摊缴纳企业所得税。（4）当年撤销的二级分支机构，自办理注销税务登记之日所属企业所得税预缴期间起，不就地分摊缴纳企业所得税。（5）汇总纳税企业在中国境外设立的不具有法人资格的二级分支机构，不就地分摊缴纳企业所得税。
对新设立的二级分支机构，第十六条第二款、第三款明确了两种例外情形，即不视同新设二级分支机构的情形，主要考虑这些机构之前已经存在并已就地分摊缴纳税款，重组之后继续作为二级分支机构管理的，按照实质重于形式的原则，不应作为新设分支机构，应该按规定继续计算分摊并就地缴纳税款。具体包括企业外部重组与内部重组两种情形：（1）汇总纳税企业当年由于重组等原因从其他企业取得重组当年之前已存在的二级分支机构，并作为本企业二级分支机构管理的，该二级分支机构不视同当年新设立的二级分支机构，应按办法规定计算分摊并就地缴纳企业所得税。（2）汇总纳税企业内就地分摊缴纳企业所得税的总机构、二级分支机构之间，发生合并、分立、管理层级变更等形成的新设或存续的二级分支机构，不视同当年新设立的二级分支机构,应按办法规定计算分摊并就地缴纳企业所得税
相关文件：《国家税务总局关于印发<跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法>的公告》(2012年第57号)、
134.分支机构计算分摊税款的三个因素如何确定？
《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法》第十五条明确规定，总机构应按照上年度分支机构的营业收入、职工薪酬和资产总额三个因素计算各分支机构分摊所得税款的比例。这就将“三因素”的所属区间统一限定为“上年度”，改变了原国税发[2008]28号文件对“三因素”所属区间“1-6月份按上上年度，7-12月份按上年度”的规定，保证了一个纳税年度内上半年预缴、下半年预缴以及汇算清缴都采用一个所属区间的“三因素”数额计算分配比例，还可以克服新设立企业第二年上半年因没有上上年度“三因素”数额而无法参与就地分摊缴税的问题。"
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