1.对于能够确定的进项税额，直接将该进项税额从当期进项税额中扣减；
2.对于无法确定的进项税额，则统一按照当期实际成本来计算应扣减进项税额。
可见本条规定是一个特指的概念，即已经抵扣进项税额的购进货物（不含固定资产）、劳务、服务，发生本条规定的情形时，要找回原来已抵扣的进项税额进行转出，如果无法确定原进项税额的，按照当期实际成本计算应扣减的进项税额。
三、已经抵扣进项税额的购进固定资产，发生用于集体福利、个人消费或非正常损失的情况，按第三十一条的规定处理。
第三十一条 已抵扣进项税额的固定资产、无形资产或者不动产，发生本办法第二十七条规定情形的，按照下列公式计算不得抵扣的进项税额：
不得抵扣的进项税额=固定资产、无形资产或者不动产净值×适用税率
固定资产、无形资产或者不动产净值，是指纳税人根据财务会计制度计提折旧或摊销后的余额。
【解读】本条规定了纳税人固定资产、无形资产或者不动产进项税额扣减的问题，并确定了扣减固定资产、无形资产或者不动产的进项税额应按净值计算转出的原则。
一、由于经营情况复杂，纳税人购进固定资产、无形资产或者不动产有时会先抵扣进项税额，然后发生了二十七条规定的不得抵扣进项税额的情形，包括专门用于简易计税方法计税项目、免征增值税项目、集体福利或者个人消费项目的，以及发生非正常损失的，均应在变更用途或发生非正常损失后将相应的进项税额应当从已申报的进项税额中予以扣减。但是由于这些固定资产、无形资产或者不动产之前已经使用了一段时间，在这一段时间内的用途是符合进行税额抵扣规定的，因此专门规定要按照固定资产、无形资产或者不动产的净值，即纳税人根据财务会计制度计提折旧或摊销后的余额，乘以适用税率计算应转出的进项税额。这条全新的规定更加体现了税法的公平合理性。
二、固定资产、无形资产或者不动产净值，是指纳税人根据财务会计制度计提折旧或摊销后的余额。由于我国财务会计制度复杂，实践中新会计准则、行业会计制度、小企业会计制度并存，因此折旧和摊销的方法也各有不同。
总体来说，新会计准则对各类固定资产的折旧年限、预计净残值没有明确的规定，各企业根据自己固定资产的性质和使用情况合理确定。而会计制度则对不同类型的固定资产规定了年限范围和残值标准。不管企业采用哪种方式，只要是符合我国现行财务会计制度规定，税务机关都应当认可。这里要注意是按照企业财务会计制度计算的净值，而不是所得税法规定的方法和年限计算净值。
三、涉及不动产进项税额的转出，要注意执行《国家税务总局关于发布<不动产进项税额分期抵扣暂行办法>的公告》（国家税务总局公告2016年第15号）的规定。
（一） 已抵扣进项税额的不动产，发生非正常损失，或者改变用途，专用于简易计税方法计税项目、免征增值税项目、集体福利或者个人消费的，按照下列公式计算不得抵扣的进项税额：
不得抵扣的进项税额＝（已抵扣进项税额＋待抵扣进项税额）×不动产净值率
不动产净值率＝（不动产净值÷不动产原值）×100%
不得抵扣的进项税额小于或等于该不动产已抵扣进项税额的，应于该不动产改变用途的当期，将不得抵扣的进项税额从进项税额中扣减。
不得抵扣的进项税额大于该不动产已抵扣进项税额的，应于该不动产改变用途的当期，将已抵扣进项税额从进项税额中扣减，并从该不动产待抵扣进项税额中扣减不得抵扣进项税额与已抵扣进项税额的差额。
（二） 不动产在建工程发生非正常损失的，其所耗用的购进货物、设计服务和建筑服务已抵扣的进项税额应于当期全部转出；其待抵扣进项税额不得抵扣。
（三） 按照规定不得抵扣进项税额的不动产，发生用途改变，用于允许抵扣进项税额项目的，按照下列公式在改变用途的次月计算可抵扣进项税额。
可抵扣进项税额＝增值税扣税凭证注明或计算的进项税额×不动产净值率
依照本条规定计算的可抵扣进项税额，应取得2016年5月1日后开具的合法有效的增值税扣税凭证。
按照本条规定计算的可抵扣进项税额，60%的部分于改变用途的次月从销项税额中抵扣，40%的部分为待抵扣进项税额，于改变用途的次月起第13个月从销项税额中抵扣。
例1：某一般纳税人2016年5月1日购进在会计制度上按固定资产核算的不动产，增值税专用发票上注明的不含税销售额为1000万元，取得进项税额110万元。已抵扣进项税额66万元。在2017年1月1日该不动产发生非正常损失。此时该不动产净值为980万元，则：
不动产净值率=980/1000=98%
不得抵扣的进项税额＝（已抵扣进项税额66万＋待抵扣进项税额44万）×不动产净值率98%=107.8万元
不得抵扣的进项税额大于该不动产已抵扣进项税额，应于2017年1月，将已抵扣进项税额66万从当期进项税额中转出，同时从不动产待抵扣进项税额中扣减41.8万元（107.8-66=41.8）。
例2：某一般纳税人2016年5月1日购进在会计制度上按固定资产核算的不动产，增值税专用发票上注明的不含税销售额为1000万元，进项税额为110万元。该企业对该发票进行了认证，但申报时发现该项不动产专用于集体福利，因此未申报抵扣这笔进项税额。至2020年2月，该不动产净值率为80%，企业将该不动产转为工业厂房。此时，可抵扣进项税额=110*80%=88万元。其中，52.8万元（88*60%）可于2020年3月从销项税额中抵扣，35.2万元转入待抵扣进项税额，于2021年3月从销项税额中抵扣。
注意：总局公告2016年第15号文规定的计算公式与财税〔2016〕36号文的附件1第三十一条规定的公式不同，应以总局公告2016年第15号文为准。
第三十二条 纳税人适用一般计税方法计税的，因销售折让、中止或者退回而退还给购买方的增值税额，应当从当期的销项税额中扣减；因销售折让、中止或者退回而收回的增值税额，应当从当期的进项税额中扣减。
【解读】本条是对纳税人扣减销项税额和进项税额的规定。
根据《国家税务总局关于全面推行增值税发票系统升级版有关问题的公告》（国家税务总局公告2015年第19号）的规定： （一）一般纳税人开具增值税专用发票或货物运输业增值税专用发票（以下统称专用发票）后，发生销货退回、开票有误、应税服务中止以及发票抵扣联、发票联均无法认证等情形但不符合作废条件，或者因销货部分退回及发生销售折让，需要开具红字专用发票的，暂按以下方法处理：
专用发票已交付购买方的，购买方可在增值税发票系统升级版中填开并上传《开具红字增值税专用发票信息表》或《开具红字货物运输业增值税专用发票信息表》(以下统称《信息表》)。《信息表》所对应的蓝字专用发票应经税务机关认证(所购货物或服务不属于增值税扣税项目范围的除外)。经认证结果为“认证相符”并且已经抵扣增值税进项税额的，购买方在填开《信息表》时不填写相对应的蓝字专用发票信息，应暂依《信息表》所列增值税税额从当期进项税额中转出，未抵扣增值税进项税额的可列入当期进项税额，待取得销售方开具的红字专用发票后，与《信息表》一并作为记账凭证;经认证结果为“无法认证”、“纳税人识别号认证不符”、“专用发票代码、号码认证不符”，以及所购货物或服务不属于增值税扣税项目范围的，购买方不列入进项税额，不作进项税额转出，填开《信息表》时应填写相对应的蓝字专用发票信息。"
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