根据《国家税务总局关于停止使用货物运输业增值税专用发票有关问题的公告》(国家税务总局公告2015年第99号)规定：
“1、增值税一般纳税人提供货物运输服务，使用增值税专用发票和增值税普通发票，开具发票时应将起运地、到达地、车种车号以及运输货物信息等内容填写在发票备注栏中，如内容较多可另附清单。
2、为避免浪费，方便纳税人发票使用衔接，货运专票最迟可使用至2016年6月30日，2016年7月1日起停止使用。
3、铁路运输企业受托代征的印花税款信息，可填写在发票备注栏中。中国铁路总公司及其所属运输企业(含分支机构)提供货物运输服务，可自2015年11月1日起使用增值税专用发票和增值税普通发票，所开具的铁路货票、运费杂费收据可作为发票清单使用。
4、除本公告第三条外，其他规定自2016年1月1日起施行，《国家税务总局关于铁路运输和邮政业营业税改征增值税发票及税控系统使用问题的公告》(国家税务总局公告2013年第76号)第一条第一项、第二条、第三条同时废止。”
从实际操作层面理解上述规定，主要包括以下三点：
第一，停止使用期限。除中国铁路总公司及其所属运输企业(含分支机构)以外的运输企业，自2016年1月1日起，最晚2016年7月1日起停止使用货运专票。货运专票停止使用后，不能作为增值税扣税凭证。也就是说，2016年1月1日至2016年6月30日，存在一个并轨期，增值税一般纳税人提供货物运输服务开具的增值税专用发票或货运专票同时存在，都可以抵扣进项税额。由于本次全面营改增的实施时间为2016年5月1日，因此本次新纳入营改增的房地产业、建筑业、金融业和生活服务业等行业的企业应注意，取得的开票时间为2016年5月1日至2016年6月30日的货运专票经认证后仍可抵扣进项税额，但取得的开票时间为2016年7月1日之后的货运专票，不得抵扣进项税额，应退回开票企业重新开具增值税专用发票。
第二，中国铁路总公司及其所属运输企业(含分支机构)提供货物运输服务，可自2015年11月1日起使用增值税专用发票和增值税普通发票，所开具的铁路货票、运费杂费收据可作为发票清单使用。这意味着中国铁路总公司及其所属运输企业(含分支机构) 自2015年11月1日起开具的铁路货票、运费杂费收据，不是增值税扣税凭证，只是当做“发票清单”适用。第三，货物运输增值税专用发票停止使用后，2016年7月1日以前开具的货运专票在开票之日起180天内还可以认证抵扣的，企业实务操作中应尽快将货运专票认证完。例如，收到运输企业开具的开票日为2016年6月16号的货运专票，即使该类发票在2016年7月1日起停止使用，但在2016年11月份还是可以认证抵扣。
（三）税控“机动车销售统一发票”。税控“机动车销售统一发票”是增值税一般纳税人从事机动车零售业务（旧机动车除外）使用税控系统开具的机动车销售统一发票。一般纳税人从机动车零售商购入新车时取得税控“机动车销售统一发票”，用于车辆注册上牌、缴纳车辆购置税和增值税进项税额抵扣。应自开票之日起180天内认证，并在认证通过的次月申报期内申报抵扣进项税额，逾期不得抵扣。
纳税人购入新机动车用于批发零售的，应当取得增值税专用发票。
二、海关进口增值税专用缴款书
从海关取得的海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税额准予抵扣。目前货物进口环节的增值税是由海关负责代征的，纳税人在进口货物办理报关进口手续时，需向海关申报缴纳进口增值税并从海关取得完税证明，其取得的海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税额准予抵扣。
根据《国家税务总局 海关总署关于实行海关进口增值税专用缴款书“先比对后抵扣”管理办法有关问题的公告》（国家税务总局公告2013年第31号）规定，自2013年7月1日起，增值税一般纳税人进口货物取得的属于增值税抵扣范围的海关缴款书，需经税务机关稽核比对相符后，其增值税额方能作为进项税额在销项税额中抵扣。纳税人进口货物取得的属于增值税扣税范围的海关缴款书，应按照《国家税务总局关于调整增值税扣税凭证抵扣期限有关问题的通知》（国税函〔2009〕617号）规定，自开具之日起180天内向主管税务机关报送《海关完税凭证抵扣清单》（电子数据），申请稽核比对，逾期未申请的其进项税额不予抵扣。
委托代理进口的，对代理进口单位与委托进口单位，只准予其中取得专用缴款书原件的单位抵扣。专用缴款书号码第19位应为“-”或“\”,第20位应当为“L”。如果是其他字符如A、C、I、Y、V,则不属于进口增值税专用缴款书，不得抵扣。
三、农产品进项税额抵扣
根据《财政部 国家税务总局关于部分货物适用增值税低税率和简易办法征收增值税政策的通知》（财税〔2009〕9号）规定：“农产品，是指种植业、养殖业、林业、牧业、水产业生产的各种植物、动物的初级产品。具体征税范围暂继续按照《财政部、国家税务总局关于印发〈农业产品征税范围注释〉的通知》（财税字〔1995〕52号）及现行相关规定执行。”
一般纳税人购进农产品抵扣进项税额存在如下5种情况：
（一）从一般纳税人购进农产品，按照取得的增值税专用发票上注明的增值税额，从销项税额中抵扣。
（二）进口农产品，按照取得的海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税额，从销项税额中抵扣。
（三）购进农产品，按照取得的销售农产品的增值税普通发票上注明的农产品买价和13%的扣除率计算的进项税额，从销项税额中抵扣。具体计算公式为：
进项税额=买价×扣除率。
根据《财政部 国家税务总局关于免征部分鲜活肉蛋产品流通环节增值税政策的通知》（财税﹝2012﹞75号）规定：《中华人民共和国增值税暂行条例》第八条所列准予从销项税额中扣除的进项税额的第（三）项所称的“销售发票”，是指小规模纳税人销售农产品依照3%征收率按简易办法计算缴纳增值税而自行开具或委托税务机关代开的普通发票。
批发、零售纳税人享受免税政策后开具的普通发票不得作为计算抵扣进项税额的凭证。
（四）从农户收购农产品，按照收购单位自行开具农产品收购发票上注明的农产品买价和13%的扣除率计算的进项税额，从销项税额中抵扣。具体计算公式为：进项税额=买价×扣除率。
向批发零售商购买农产品，或者向农业生产者购买非自产农产品，不得开具收购发票。
（五）以购进农产品为原料生产销售液体乳及乳制品、酒及酒精、植物油的增值税一般纳税人，以及既生产上述三类产品，又生产其他货物或者购进农产品直接销售、或者购进农产品用于生产经营且不构成货物实体的增值税一般纳税人试行农产品增值税进项税额核定扣除办法。试行农产品增值税进项税额扣除办法的纳税人不再执行现行税法规定的按照购买价和13%的扣除率计算进项税额。
四、完税凭证
一般纳税人从境外单位或者个人购进服务、无形资产或者不动产，按照规定应当扣缴增值税的，准予从销项税额中抵扣的进项税额为自税务机关或者扣缴义务人取得的解缴税款的完税凭证上注明的增值税额。
目前深圳市国税局开具的完税凭证包括《中华人民共和国税收通用缴款书》、《中华人民共和国税收转账专用完税证》、《中华人民共和国税收通用完税证》、《中华人民共和国税收电子转账专用完税证》以及《中华人民共和国代扣代收税款凭证》，共五类。"
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